Nucleus mengandung sebagian gen yang mengontrol sel eukariotik dan merupakan organ yang paling mencolok dalam sel eukariotik. Rata-rata diameternya 5µm.
Nucleus ini mempunyai membrane inti yang sama dengan susunan molekul membrane sel. Membrane inti berguna untuk pertukaran materi antar nukleoplasmadengan sitoplasma . nukleoplasma mengandung nukleulus (anak inti) dan kromosom. Nucleolus merupakan tempat pembentuka RNA ribosomal, sedangkan struktur kromosom terlihat pada saat sel mengalami pembelahan.
Fungsi inti sel adalah:
1.Mengendalikan proses berlangsungnya metabolism dalam sel.
2.Menyimpan informasi genetic
3.Mengatur kapan dan diman ekspresikan akan dimulai
4.Tempat terjadinya replikasi (perbanyakan DNA) dan transkripsi.
Sitoplasma atau cairan sel adalah matriks yang berada di bagian dalam membrane plasma tetapi di luar nukleus . Sitoplasma tersusun dari sitosol yang bersifat koloid, sitoskeleton (rangka sel) dan organel-organel.
Fungsi sitoplasma adalah sebagai berikut: 1. Tempat terjadinya metabolisme sitosolik, misalnya glikolisis , sintesis protein 2. Tempat menyimpan baahan kimia yang berguna bagi metabolism sel missal enzim, protein dan lemak. 3. Sarana tau fasilitator agar organel tertentu tertentu dapat bergerak.
Merupakan butiran kecil nucleoprotein yang tersebar di dalam sitoplasma. Bahan penyusun ribosom adalah protein dan RNA ribosomal (RNAr) . Ribosom berfungsi untuk melangsungkan sintesis protein. Ribosom yang menempel pada sitoplasma beruna untuk mensintesis protein yang berguna di dalam sitoplasma, sedangkan yang melekat pada permukaan RE berfungsi untuk sintesis protein yang hasilnya masuk ke dalam lumen RE.
Gambar. Ribosom
Rektikulum Endoplasma (RE)
Rektikulum Endoplasma berbentuk benang-benang jala yang terdiri dari tubulus, vesikula, dan kantung-kantung pipih yang disusun eleh protein dan lemak. Tipe RE ada dua yaitu:
1.RE kasar (bergranula)
RE kasar ini memiliki bintik-bintik yaitu ribosom, berfungsi sebagai tempat sintesis protein
2.RE halus (tidak bergranula).
RE halus tidak ditempeli ribosom sehingga permukaannya halus., berfungsisebagi tempat sintesis lemak.
Badan golgi merupakan kantong pipih bertumpuk yang tersusun dari ukuran besar hingga ukuran kecil dan terikat membran. Badan golgi berfungsi memproses protein dan molekul lain yang akan dibawa ke luar sel atau ke membrane sel. Juga terjadi proses glikosilasi (penambahan oligosakarida). Glikosilasi meripakan salah satu modifikasi protein setelah sintesis protein selesai. Badan golgi terdapat sel-sel sekretori.
Gambar. Sekresi protein melalui RE dan Badan Golgi
Lisosom Lisosom merupakan vesikel membrane berkantung yang mengandung enzim-enzim hidrolitik yang bekerja pada kondisi asam.lisosom terbentuk dari pertunasan vesikel badan golgi. Lisosom berfungsi untuk mencerna makromolekuler secara intra seluler dan merusak sel-sel asing Lisosom memiliki berbagai macam enzim seperti nuclease, protease, lipase, fosfatase yang berfungsi untuk menghodrolisis materi asing .
Peroksisom Bentuknya seperti lisosom berisi enzim oksidatif dan katelase. Katalase mengkatalisis perombakan hydrogen peroksida (H2O2). Hydrogen peroksida merupakan produk metabolisme sel yang berpotensi membahayakan sel. Peroksisom ini ada pada sel hewan (hati dan ginjal) ataupan tumbuhan (berbagai tipe sel).
Mitokondria merupakan organel yang bermembran rangkap yang sangat penting untuk metabolisme energi dalam sel.
Mitokondria terdiri dari: 1. membrane luar berfungsi sebagai pembatas anatara metokondria dan sitoplasma
2. membrane yang berlekuk-lekuk disebut krista, berfungsi untuk memperluas permukaan 3. matrik mitokondria berfungsi untuk oksidasi asam lemak dan katabolisme asetil koenzim, mengandung DNA mitokondria.
Semua proses tersebut mampu menghasilkan energi tinggi.
Gambar. Mitokondria berfungsi untuk metabolisme energi dalam sel
Sitoskeleton merupakan rangkasel yang terdapat pada sitosol.tersusun atas tiga jenis serabut yaitu
1.mikrofilamen, rantai ganda protein yang asling bertaut dan tipis terdiri dari protein yang disebut aktin, berdiameter 5-6 nm
2.mikrotubula, rantai protein yang berbentuk spiral membentuk tabung berlubang, tersusun atas bola-bola molekul yang disebut tubulin. Merupakan serabut penyusun sitoskeleton terbesar dan dapatmembentuk organel berupa sentriol, silia, flagella.
3.filament antara, rantai proteinyang berbentuk untaian yang salin melilit berdiameter8-10nm, tersusun atas protein yang disebut fimetin
Fungsi dari skeleton adalah memberikan kekuatan mekanik pada sel, menjadi kerangka sel, membantu gerakan substansi dari satu bagaian selke bagian lain.
Dinding sel hanya terdapat pada sel tumbuhan. Dinding sel itu tipis, berlapis-lapis, dan pada tahap awalnya lentur. Lapisan dasar yang terbentuk pada saat pembelahan sel terutama adalah pektin, zat yang membuat agar-agar mengental. Lapisan inilah yang merekatkan sel-sel yang berdekatan. Setelah pembelahan sel, tiap belahan baru membentuk dinding dalam dari serat selulosa. Dinding ini terentang selama sel tumbuh serta menjadi tebal dan kaku setelah tumbuhan dewasa. (Sumber: Time Life, 1984).
Dinding sel dibedakan menjadi dua yaitu:
1.Dinding sel primer, pada sel yang masih muda terdiri atas selulosa, hemiselulosa dan pectin
2.Dinding sel sekunder terdapat pada sel dewasa yang dibentuk dari dinding primer.
Pada dinding sel ada bagian yang tidak menebal, yaitu bagian yang disebut noktah. Melalui noktah ini terjadi hubungan antara antara sitoplasma satu dengan yang lain yang disebut plasmodesmata. Plasmodesmata berupa juluran plasma, yang berfungsi menjadi pintu keluar masuknya zat.
Sebagian besar isi dari sel berupa air. Tekanan air atau isi sel terhadap dinding sel disebut tekanan turgor. Dinding sel dan vakuola berperan dalam turgiditas sel.
Gambar. Sel Tumbuhan dengan Dinding Sel diperbesar
Vakuola
Vakuola merupakan rongga dalam sel yang dibatasi selapis membrane yang disebut tonoplas.
Fungsinya:tonoplas menjaga tekanan turgor sel, tempat cadangan makanan (amilum, gula dan lain-lain), menyimpan sisa metabolisme seperti alkaloid, kristal kalium oksalat, getah karet, tannin dan alkaloid, menyimpan minyak atsiri, misalnya minyak kayu putih, pepermint dan aroma harum pada bunga, menyimpan pigmen antosianin yang berwarna merah, biru, kuning dan lembayung untuk warna mahkota bunga, mengandung enzim hidrolitik, mengadakan sirkulasi zat dalam sel.
Plastida
Plastid berbentuk butir atau halter yang memiliki membrane rangkap.
Macam-macam plastida:
1)Kromoplas: plastida yangmengandung pigmen merah, jingga atau kuning, karena mengandung karoten. Peran kromoplas untuk member warna pada bunga atau buah serta membantu menyerap cahaya matahari dalam fotosintesis.
2)Leukoplas: plastida yang tidak mempunyai pigmen warna, terdapat pada sel jaringan tumbuhan yang tidak terkena cahaya. Leukoplas terdiri dari:
a.Amiloplasma, menyintesis cadangan makanan yang berupa amilum.
b.Elaioplas, menyimpan lemak dan minyak.
c.Proteinoplas, menyimpan protein.
3)Kloroplas: plastida yang mengandung klorofil, karotenoid, DNA dan RNA yang berfungsi untuk fotosintesis. Kloroplas tersusun atas matrik, stroma, grana, tilakoid, dan klorofil.
a.Grana sebagai tempat terjadi reaksi terang.
b.Stroma atau matrik sebagai tempat reaksi gelap (reaksi fotosintesis yang tidak memerlukan cahaya). Matriks merupakan substansi yang mengandung glukosa, enzim-enzim pelarut dan bahan-bahan organik lain.
Fungsi kloroplas pada tumbuhan adalah melangsungkan fotosintesis pada reaksi terang dan gelap sehingga terbentuk glukosa, menyintesis protein (pada beberapa jenis ganggang kloroplasnya memiliki pirenoid yang berperan dalam sintesis amilum).
Sentriol merupakan sepasang strukturseperti silinder yang memiliki lubang di tengah dan tersusun dari protein mikrotubulus. Sentrioltersusun dari mikrotubulus yang membentuk suatu struktur protein seperti jalayang tampak berlekatan dengan kromosom selama pembelahan sel(mitosis ataupun meiosis.). sentriol berperan untuk mengatur polaritas (kutub) pembelahan sel hewan dan mengatur pemisahan kromosom selama pembelahan sel.